BioRender通路图怎么搭建，以及通路图的层级关系又该怎么整理，它的重点并不在于把蛋白、细胞器、箭头一股脑儿地都堆到画布上面，而是需要先把通路的主线、调控的关系，还有展示的层级想清楚。BioRender提供可编辑的图标、模板和在线画布，官方也有关于生物通路绘制的建议，其中强调了信息的流向、颜色的对比、缩放的层次，还有线条与箭头的一致性。

　　一、BioRender通路图怎么搭建

　　在搭建通路图之前，要先判断这张图是用于论文的机制图、课题的汇报，还是实验结果的说明。用途不同，图里面需要容纳的信息密度也不一样。论文的图更强调准确和简洁，而汇报用的图则可以适当增加一些背景信息。

　　1、先确定通路的主线

　　通路图需要先找出一条主线，比如“刺激信号进入细胞—受体被激活—下游蛋白发生磷酸化—转录因子进入细胞核—目标基因表达”。主线确定下来以后，再去决定哪些分支需要保留，哪些内容只是作为背景存在。很多图画得凌乱，就是因为一开始没有主线，想把所有的分子都放进去。

　　2、选择合适的模板

　　可以从Templates当中去搜索pathway、signaling pathway，或者具体的通路名称，先找到一个接近主题的模板，然后再进行修改。BioRender的模板库里面有大量可以编辑的模板，通路类的模板通常已经包含了细胞的结构、箭头、标注，还有排版的框架。使用模板的好处，是能够先把布局的问题解决掉，然后再把精力放到通路的内容和机制的逻辑上面去。

　　3、补充关键的元素

　　搭建的时候，先把细胞、细胞膜、细胞核、线粒体这些空间结构放上去，然后再去放受体、蛋白、代谢物、转录因子和基因。不要在一开始就去调整颜色和字体，而是先把信息的位置摆对。等到主线清楚了以后，再把图标的大小、箭头的粗细，还有文字的标注统一起来。

　　二、BioRender通路图层级关系怎么整理

　　通路图的层级整理，主要是把空间层级和机制层级分开来处理。空间层级解决的是元素放在哪里的问题，机制层级解决的则是信号怎样传递、谁在调控谁、最终的结果又是什么。

　　1、先把空间层级分出来

　　可以按照细胞外、细胞膜、细胞质、细胞核，还有细胞器，去安排各个元素的位置。比如配体和刺激因素放在细胞外，受体放在膜上，激酶和信号蛋白放在细胞质里面，转录因子和靶基因则放在细胞核当中。这样读者不用反复地去看文字，也能大致理解信号的走向。

　　2、再把机制层级分出来

　　机制层级需要把激活、抑制、转运、结合、降解，还有表达的变化，都区分清楚。激活关系使用箭头，抑制关系使用阻断线，复合物的形成可以靠近排列，或者用边框把它框起来。BioRender官方的通路绘制建议里面也提到了，线条和箭头保持一致，有助于统一整张图的表达逻辑。

　　3、控制好信息的密度

　　一张通路图，不一定非要把全部机制都展示出来。核心的分子可以放大，辅助的分子可以缩小，背景的结构可以把它淡化。如果某一个局部的机制比较复杂，可以用放大框单独去呈现，不要把所有的东西都挤在主图里面。这样一来，既保留了细节，也不会让整张图看起来像一份分子的清单。

　　三、通路图修改时要注意什么

　　BioRender的通路图做完第一版以后，最好是从读者的角度倒过来检查一遍，看看别人能不能顺着箭头读懂这套机制。图好不好，不光是看它漂不漂亮，还要看里面的信息是不是准确。

　　1、不要混用太多的颜色

　　颜色主要是用来区分层级或者状态的，比如激活使用一种色系，抑制或者异常的变化则使用另一种色系。不要给每一个蛋白都换上不同的颜色，否则读者会误以为颜色是在代表不同的机制。

　　2、标注要简短而且明确

　　文字的标注，尽量使用常见的缩写和关键的术语，不要把整段的解释都放进图里面。比如说，写上“NF-κB activation”，通常就要比写一个长句子更加清楚。详细的解释可以放到图注里面去，图内只保留识别和逻辑所需要的那部分信息。

　　3、导出以前检查一致性

　　导出以前，要去检查箭头的方向、线条的粗细、图标的大小、字体的层级，还有缩写是不是统一。BioRender是基于在线画布来创建科学插图的工具，很适合去快速地生成专业的图片，但是最终的科学准确性，仍然需要由作者自己来核对。

　　总结

　　BioRender通路图怎么搭建，以及通路图的层级关系怎么整理，可以按照“先定主线、再选模板、补充关键元素、整理空间层级和机制层级”这样的思路来做。通路图并不是把所有的分子都画出来，而是要让读者看懂信号是从哪里来的、经过了哪些关键的节点、最后产生了什么样的结果。层级清楚、箭头统一、颜色使用得克制，这样做出来的BioRender通路图，才会更加适合论文、汇报和课题展示这些场景。